‘મહારાજ’ ફિલ્મને લઈ ઠેર ઠેર વિરોધ જોવા મળી રહયો છે, વૈષ્ણવ-પુષ્ટિમાર્ગીય સંપ્રદાય અને હિન્દુ ધર્મની આસ્થા અને લાગણીને ઠેસ પહોંચાડતી વાતો અને ટિપ્પણીઓ, બાબતો રજૂ કરવામાં આવી હોવાની વાતે વૈષ્ણવ સંપ્રદાય દ્વારા વિરોધ થઇ રહયો છે, 

 જૂનાગઢમાં ફિલ્મનો વિરોધ કરાયો હતો. નોંધનીય છે કે જૂનાગઢ પૃષ્ટિ માર્ગ સંપ્રદાયના સંતો અને ભક્તોમાં ફિલ્મ મહારાજ સામે રોષ જોવા મળ્યો હતો. જૂનાગઢ બી ડિવિઝન પોલીસ સ્ટેશનમાં યશરાજ ફિલ્મના ડાયરેક્ટર અને આ ફિલ્મના સંબંધિત લોકો વિરુદ્ધ ગુનો નોંધવા અરજી કરવામાં આવી છે.